财政国库管理制度改革的目的，是在部门预算确定后，确保严格和规范预算执行，提高财政资金的使用效益，也就是说，国库管理制度改革要解决的主要是财政资金的收付方式问题。长期以来，我国实行以预算单位设立多重存款账户为基础的分级分散收付制度，财政收入项目由征收部门通过设立过渡存款账户收缴，收入退库比较随意；财政支出通过财政部门和用款单位各自开设的存款账户层层拨发，预算单位的大量预算外资金未纳入财政预算统一管理。这种做法弊端很多：（1）重复和分散设置账户，财政收支信息反馈迟缓，资金运行效率和使用效益低；（2）财政监督弱化，截留、挤占、挪用财政资金等问题时有发生，“水到田头死”，甚至诱发腐败现象；（3）难以实现科学管理。
改革财政国库管理制度，就是参照国际惯例，建立一种对财政资金实行集中收缴和支付的管理制度，也称国库集中收付制度，国际上称为国库单一账户制度。其核心是通过国库单一账户体系对财政资金的运行进行管理，各单位不再设有银行账户；所有财政收入直接缴入国库，不再通过各个中间环节；各部门、各单位根据自身需要，在预算取定的范围内，决定购买何种商品和劳务，但付款过程由国库集中处理，所有财政支出由财政集中支付到商品和劳务的提供者，确保财政资金运行的安全和高效。改革的主要内容：（1）由财政统一设立国库单一账户体系，所有财政资金全部在国库单一账户体系中运作；（2）财政收入通过国库单一账户体系直接缴入国库，财政支出按预算通过国库单一账户体系由财政直接支付或授权预算单位支付到商品或劳务供应者；（3）建立高效的预算执行机构、科学的信息管理系统和完善的监督检查机制。
